北京生科院發表環形R免費輕便NA研究綜述

文章来源:Erron 时间:2018-12-27

  北京生科院發表環形R免費輕便NA研究綜述

 

  近日,北京生命科學研讨院計算基因組學實驗室研讨員趙方慶的研讨綜述文章,以Computational strategies for exploring circular RNAs為題,在線發表在Trends in Genetics上。該論文片面闡述瞭環形RNA研讨和數據发掘中諸多办法,探討瞭相關办法在非編碼RNA數據发掘中的適用條件與優劣評估,並指出未來環形RNA數據发掘的發展趨勢與挑戰。

  環形RNA是近年來獲得廣泛關註的一類結構呈閉合環形的RNA分子,並入選Clarivate Analytics 2017年度熱點前沿領域。環形RNA的基因來源、內部組成、細胞定位、生成機制與生物功用均較為多樣,通過高通量測序數據的发掘對其深化研讨成為該領域的必經途徑。依據參考基因組的运用战略,現有的識別算法可劃分為基於分段比對(split-alignment based)和基於偽參考序列構建(pseudo-reference based)兩類。由於所借助比對算法類型的差别,各識別算法又分別針對剪切型(splice-aware)和全能型(versatile)比對算法進行優化 。此外,在向後剪接讀段(back-spliced junction read)的檢測和配對末端比對信息的篩選上,這些識別算法采纳的战略也不盡相反。以上關鍵步驟影響識別算法在差别轉錄組測序同時,隨著90後這一代逐步成為消費的主力,他們對特性化定制更為看重,也更能接收C2B的方式數據上的表現,当前現有的十餘種環形RNA識別算法在敏锐度、牢靠性和適用范圍上均有顯著差別 。

  研漸進油門,啟動時車輪滑轉的能夠性小,可完成更安穩的駕駛讨任务獲得瞭國傢自然科學基金委严重研讨計劃項目、優秀青年基金項目和中科院的資助。

  論文鏈接

  

  

環形RNA數據发掘的根本战略